En jämförelse av olika individer av rotticka visade att vissa skadesvampar har större tålighet mot pergamentsvamp. Det innebär att rottickan har förutsättningar att utveckla individer som är mer toleranta mot pergamentsvampen. Nicklas Samils som utfört studien vid SLU anser dock att risken för att detta ska ske i skogsmark är mycket liten.
En annan risk är att just den svampklon som används i preparatet Rotstop ska ta över i svampsamhället. Samils konstaterar att man efter fyra år fortfarande hittar spår av klonen men att den då har parat sig med naturligt förekommande individer. Den klon man applicerade verkade dock inte ha spritt sig utanför den behandlade gallringen.
En tredje och mer påtaglig risk är att svampen får en oönskad spridning till andra kontinenter. Samils har jämfört olika populationer av pergamentsvamp i områden runt Östersjön med nordamerikanska individer av samma art. Det finns så stora genetiska skillnader mellan amerikanska och europeiska individer, så stora att man inte bör flytta svampar mellan kontinenterna.