I uppdraget från regeringen ingår att samordna, inhämta underlag och hantera utbetalningar till kommuner som drabbats, skriver regeringen i ett pressmeddelande.
Kommunerna kan få ersättning i den mån kostnaderna inte ersätts enligt lagen om skydd mot olyckor eller genom andra ersättningssystem. Regeringen kommer inom kort återkomma med kriterier för ersättningen.
Kommunerna ska kunna ansöka om ersättning till och med den 15 november 2018.
Utöver de 40 miljoner kronorna avsätter regeringen 10 miljoner kronor till drabbade länsstyrelser.
Länsstyrelsen i Jämtlands län har tidigare i somras fått i uppdrag att samordna eftersläckningsarbetet efter skogsbränderna.